1899年6月10日，章太炎由台湾基隆出发。14日，“步上神户”。17日，“发大津趋名古屋”[5]。在日本与孙中山相晤，受其启发，自称：“自台湾渡日本，时梁启超设《清议报》于横滨，余于梁座中始得见孙中山，由梁介绍也。越二三月，余回上海。”[6]冯自由记：“己亥夏间，钱恂任留日学生监督，梁启超时办《清议报》，均有书约章赴日，章应其请，先后寄寓横滨《清议报》及东京钱寓、梁寓，由梁介绍，始识孙中山于横滨旅次，相互讨论排满方略，极为相得。”[7]
章太炎在日本初晤孙中山，影响很大。7月17日（六月初十日）《致汪康年书》中谈到初晤时感受：“兴公（指孙中山）亦在横滨，自署中山樵，尝一见之，聆其议论，谓不瓜分不足以恢复，斯言即浴血之意，可谓卓识。惜其人闪烁不恒，非有实际，盖不能为张角、王仙芝者也。”[8]虽尚有微词，仍誉为“卓识”，可见他这次和孙中山初晤，留下了印象。