1899年6月10日,章太炎由台湾基隆出发。14日,“步上神户”。17日,“发大津趋名古屋”[5]。在日本与孙中山相晤,受其启发,自称:“自台湾渡日本,时梁启超设《清议报》于横滨,余于梁座中始得见孙中山,由梁介绍也。越二三月,余回上海。”[6]冯自由记:“己亥夏间,钱恂任留日学生监督,梁启超时办《清议报》,均有书约章赴日,章应其请,先后寄寓横滨《清议报》及东京钱寓、梁寓,由梁介绍,始识孙中山于横滨旅次,相互讨论排满方略,极为相得。”[7]
章太炎在日本初晤孙中山,影响很大。7月17日(六月初十日)《致汪康年书》中谈到初晤时感受:“兴公(指孙中山)亦在横滨,自署中山樵,尝一见之,聆其议论,谓不瓜分不足以恢复,斯言即浴血之意,可谓卓识。惜其人闪烁不恒,非有实际,盖不能为张角、王仙芝者也。”[8]虽尚有微词,仍誉为“卓识”,可见他这次和孙中山初晤,留下了印象。