关于智育的实施途径，他认为有如下六条：
1.设科。以适应社会需要为主旨。2.教授。以养成思想独立之能力为目的，故重启发，不重注入，重自修不重听讲。各科利用参考书，扩充图书室。设教法研究会求教法之统一改进。3.实验。思想有待征之事实而后信者，皆重实验，以为学理之佐证，养成发明之习惯。4.研究。各科于最后一期定有研究一次，以养成独立思想、研究方法，并考验其心得。5.实习。以养成各种技能和应用能力。两种方法：一种是到农工、商场实习，最后一学期举行；一种是实地教授，年末之第一学期举行。6.参观。各科毕业前均派往有关机关参观一切。
实行选科制，重视教育学科科学化和专业教育。1919年，陶行知在他主持的一次教务会议上，提出该校课程改为“选科制”。他重视教育学科的科学化，包括两点：一是要求教育学科的理论，尽量立足于自然科学的规律化，使教育学不再是“意见学”；二是要求广泛运用根据教育科研成果而得的科学教学法，使教学效果获得较快和较大的提高。他重视专业教育，如“1920年4月，南京高师各专修科以实践伦理、心理学、教育学、教授法等为公共必修科目。”这比当今师范大学公共必修教育课程还要多。