在《湘学新报》创刊的最初阶段，该报确实坚守着传播新知识、新思想的既定立场，并没有介入一些容易引起争议的问题。但是当梁启超于1897年11月到湘出任湖南时务学堂的中文总教习，特别是南学会成立之后，徐仁铸接替江标出任湖南学政，并从第24册起接办《湘学报》之后，《湘学报》的办刊宗旨确实有所变化，最明显的特征是开始有意识地鼓吹康有为的孔子改制说，俨然站到了维新势力的一边了，这样就难免与守旧势力发生冲突。特别是1898年初，谭嗣同由湖北回到湖南，他的激进思想对湖南的维新势力起到积极重要的刺激作用，《湘学报》上言论也日趋激烈，遂引起张之洞的不满。1898年5月6日，张之洞明示《湘学报》不得再寄往湖北。5月11日，张又致信徐仁铸，批评《湘学报》的办刊方针已经偏移，“其中奇怪议论，较去年更甚，或推尊摩西，或主张民权，或以公法比《春秋》”，凡此，都与张之洞的思想观念存在根本的差异，“学术既不敢苟同，士论亦不敢强拂”，所以他要求徐仁铸此后不要再向湖北邮寄该报，禁止《湘学报》在湖北的传播。