公元405年，晋安帝司马德宗回到建康，大封平叛有功之臣，刘裕被任命为都督扬、荆、徐等16州军事，成为了一个封疆大吏。
公元409年初，南燕慕容超几次派兵侵犯淮北，杀东晋朝廷命官，抢劫财物，掳掠百姓。刘裕正想找机会立功，便上表请求北伐南燕。刘裕从建康出发，先出兵包围了南燕的国都广固（今山东益都西北）。南燕的国主慕容超着急了，向后秦讨救兵。
后秦国主姚兴派使者到晋军大营去见刘裕，说：“燕国和我们秦国是友好邻国。如果你们一定要逼燕国，我们不会坐视不救。”
刘裕听了使者的话，冷笑着说：“你回去告诉姚兴，我本来想灭掉燕国之后，休整3年再消灭你们。没想到你们愿意送上门来，那就来吧！”
使者走后，有人问刘裕：“您这样做，只怕会激怒姚兴，如果秦兵真的来攻怎么办？”刘裕泰然地说：“俗话说：‘兵贵神速’，他们如果真想出兵，就会偷偷出兵，为什么先派人来通知呢？这不过是姚兴虚张声势罢了。他连自己都顾不过来，哪有心思救人呢？”
不出刘裕所料，当时后秦正跟夏国互相攻打，根本无暇出兵救南燕。没过多久，刘裕就把南燕消灭了。朝廷命他兼任青、冀二州刺史，并允许他相机行事。也就是说，他可以自作主张，不必请示朝廷了。