高等学校同时具有自主性和公共性两方面的特征。自主性是高等学校教学、科研和学术发展的重要特性，要求高等学校具有不受政府随意限制和干预的空间。而国家对高等学校的限制和介入，则主要是基于高等学校的公共性。其实，自主性与公共性作为高等学校的两个方面的性质，国家的规范并非不能共存，而且可以相互促进：一方面，国家对高等学校进行的规范，应建立在保障和发挥高等学校的自主性基础之上。因为只有保障高等学校的自主性，才能够为学校教师创造宽松的学术研究、教育教学环境，为科研、学术水平和教育质量的提高创造条件，保障学生学习自由权的实现；否则，就谈不上实现公共性。另一方面，国家对高等学校公共性的保证，有利于自主性的发挥。因为如果国家不能适当规范教育的公共性，则有可能引发不同主体的利益冲突和教育秩序混乱，不但直接对教师工作权、学生学习权产生损害，还会因教育的外部效应间接对社会产生损害。因此，在政府基于高等学校的公共性而加以限制、规范时，必须考虑高等学校的自主性，维护其自主权利，协调好高等学校自主性与公共性的关系。历史和实践都已证明，高等学校完全的责任履行与绝对的学校自治都是不存在的。[54]因为完全的责任履行，就意味着高校彻底沦为政府控制下的一个政府机关，而绝对的学校自治、市场化又排斥和忽略了高等学校作为公共组织所应当承担的法律责任。因此，在政府与高等学校的关系问题上，重要的不是高等学校有多大的自治权，而是政府管理的界限和监督的力度问题，是如何构造高等学校与政府、高等学校与市场、政府与市场的关系的问题。在高等教育中，政府应该通过责任机制来保护社会公众在高等教育中的利益，同时，又为高等教育提供自主发展的环境。