《中英烟台条约》的订立虽然使英国人进入西藏合法化，但是，西藏地方政权和广大僧俗群众却坚决抵制英人的入藏“游历”，特别担忧天主教的传入将破坏西藏的宗教统一，危及西藏政教合一的地方政权，因此，西藏各地阻止英人进藏的事件和冲突屡有发生。
1882年后，英国经济进入了长期的萧条，英国资本家迫切要求开辟新的市场。《泰晤士报》曾发表社论呼吁道：“我们到处听到商人诉说贸易停滞。如果我们坚决要求进入西藏，那儿有一个广大市场等待我们。"1884年10月，英印政府任命孟加拉省财政秘书马科蕾筹办进藏商业考察团事宜。马科蕾返回英国，向政府陈述：开通印藏贸易不仅因印茶销藏而给英国带来可观的经济利益，还会使“我们在亚洲的政治势力就将得到巨大的扩展”。这促使英国政府批准了他的出使计划。
清政府内部对是否接纳英国商务考察团却产生了意见分歧，曾纪泽、李鸿章主张同意英国的入藏通商的要求。1885年8月，曾纪泽致函李鸿章说：“西藏系天朝属地”，马科蕾要求与总理衙门谈判西藏通商事宜，表明英人“明认中国之主权”，“兹幸英人不萌侵夺之念，但以通商为请，在我似宜慨然允之，且欣然助之经营商务。商务真旺，则军务难兴，此天下之通理也。我之主权既著，边界益明，关榷日饶，屏篱永固，兴利也，而除害之道在焉。“12月，四川总督丁宝桢则上奏表示坚决反对，他针对曾纪泽所论，强调：“英人之与西藏通商，是乃多年故智，而用心阴鸷，即露端倪，我不可谓彼之不言侵夺，第专意通商。”英人不过是“佯借通商之美名，实阴以肆侵夺之秘计，设使事机不顺，彼先得中国之利权，继欲占中国之土地，势不至易通商为侵夺不止。彼时我之虚实彼尽知之，我之人情彼尽悉之。”而且西藏僧俗皆反对与英人通商，如将通商之说强加于西藏地方，将导致中央政府与西藏地方关系恶化，“兵端已先肇于西藏”，则反为英人所利用，“转移其祸于我，是我先为西藏受害”。更为严重的是，英人并非仅注意西藏，而是要进一步通过西藏进入四川，“设藏路一开，则四川全境俱失；川中一失，则四通八达，天下之藩篱尽坏”。最后，总理衙门在英国公使欧格讷和马科蕾作出保证不与西藏地方政权私行缔约，不得以任何形式帮助天主教势力渗透西藏后，发给护照，知照驻藏大臣妥为保护，同时要求马科蕾必须取得西藏地方政权的同意，始得入藏。