对于蒋介石垄断权力、控制军队的做法，桂系虽无可奈何，但也不时发起反击。桂系的主张在一定程度上得到广东军政当局，如薛岳、余汉谋等人的支持，他们策动属下以民意代表身份，批评军事措施之不当，要求撤销参谋总长顾祝同的职务。9月1日，国民党中央非常委员会开会检讨战局，李宗仁发言称：“欲打开此沉闷局面，必须灵活运用军事力量，使能反败为胜。……保卫广东，首贵统一指挥，决战应积极做去，不可延误。但部队不听调度，即无法完成部署。”他指责说：胡琏兵团原在赣南，归华中指挥，不知奉何人命令，调到广东东江，这命令显然不对。他提出今后大的决策应请总裁指示，小的如军队调动等，应听国防部命令，因为总裁说过他领导党，不问政事，此类事件当非总裁之意，其症结何在，责任何属，实难揣测；原订战略不能执行，政府又如何做事。不过这是李宗仁自说自话，蒋介石从来不认为军队调动是小事，军权是蒋必须时时控制在手的。
因为李宗仁的政令不能推行，阎锡山又不能在蒋桂发生矛盾时支持他，李宗仁对阎锡山也日渐不满，有意另找人担任行政院长。但阎锡山有蒋介石的支持，并不把李宗仁放在眼里，他请邹鲁转告李宗仁，本人既任此职，请辞殊违初衷。邹鲁告他，如其不辞，李宗仁恐有意将其免职。但阎称：如免职我不副署，则李为不合法。阎锡山既如此态度，又有蒋介石的支持，李宗仁最终也没能实现其意图。桂系的一系列做法，更增加了蒋介石对桂系的不满和怨恨。双方关系实已难能协调。