走内涵式发展道路，必须改变对教育质量的评价方式和人才的选拔方式。全国统考式的高考制度“用统一试题去衡量各不相同的学生，用全国统一的标准代替各个高校的不同标准，这不仅无法照顾和满足各个高校对生源的特别要求，也无法考察和发现不同考生的真实才能和发展潜能”[24]。在这种情况下，能够选拔具有特殊才能或创新能力人才的高校自主招生应运而生。
2003年，高校自主选拔录取改革试点正式启动，部分高校在统一考试的基础上，拿出一定比例的招生名额，通过高校自主选拔考试，选拔并录取具有一定学科特长和创新潜质的优秀毕业生。2010年，招考学校从原来拥有自主招生考试的3所高校增加到76所，招考数量由拥有5%的招生自主权到部分高校20%的招生自主权。以2009年为例，北京大学在全国招生2 650名，其中获得自主选拔录取资格的考生有1 181名；清华大学当年计划招生3 330名，通过自主选拔获得录取的有1 075名。
专栏 2-4 中国四大高校自主招生联盟
随着自主招生规模扩大，报名考生数量急剧增加，招考工作经济成本日渐成为高校的一笔重负，而各地考生前往不同高校笔试、面试成本增加也逐渐成为争议的话题。在此背景下，各高校开始“联考”，体制创新出现重大突破。