虽然马皇后提出了许多利国利民的建议，但是真正令马皇后名垂千古的却是她对大臣的护犊子。我们都知道，朱元璋性格急躁，并且崇尚“乱世用重典”，对于大臣说打就打，说杀就杀，在他手下当官那滋味可不好受，担惊受怕，早上去上朝，晚上不一定回得来。而这个时候，唯一能让朱元璋消气的只有马皇后一个人，马皇后在劝谏朱元璋的时候也是很有智慧的，他知道朱元璋正在气头上，她不会直接指出朱元璋判断有误，与朱元璋互怼，要是这样朱元璋估计早受不了了。
马皇后深知倔驴就要顺毛撸，就像当年的长孙皇后劝谏唐太宗一样。作为明朝开国文臣之首的宋濂，就是初中课本中《送东阳马生序》的作者，本来已经告老还乡，在家安心养老。但是他的孙子宋慎却被牵扯进胡惟庸案中，受其牵连，宋濂一家遭祸，宋濂本人按律当斩。为了说情，马皇后摆事实讲道理，宋濂为明朝宗室特别是太子普及文化有功，对老朱家有师恩，而且一个退休多年的老干部，一个退居二线后不再参与政治的老头子，本来就行将朽木，活不了多少年了，杀个老头子又没啥意义，说出去还不好听，杀他干吗？结果遭到朱元璋无情拒绝。于是，当天马皇后在为朱元璋准备的御膳中，只有素菜，没有酒肉，朱元璋对此大为不解，于是问马皇后这是何意，马皇后答道自己是在提前为宋先生做福事，搞得朱元璋很不愉快，一怒之下扔了筷子就走，连饭都不吃了。但是第二天，朱元璋还是改了对宋濂的处罚，免去死刑。