1654年，夸美纽斯重返黎撒。1656年，因波兰与瑞典发生战争，夸美纽斯所有图书及手稿再次被焚烧，包括《泛智论》著作的手稿，不得已又转赴荷兰的阿姆斯特丹避难。在此期间，他继续为兄弟会流亡者争取同情与援助的活动，并在那里整理了《夸美纽斯教育论著全集》。在晚年，夸美纽斯继续坚持他的教育研究工作及教育论著的整理。他毕生的巨著《关于改进人类事物的总建议》共有七大卷，其主要论述了人类实施全面性的改良计划，使人类能够获得真正和平、幸福的生活。
1670年11月15日，夸美纽斯在阿姆斯特丹逝世，享年78岁。他一生为祖国复兴、民族解放、捷克兄弟会生存而努力奋斗，为改革旧教育，建立新的教育科学体系而辛勤劳动，是一位具有资产阶级民主主义、爱国主义精神的教育家，也是一位追求真理和人类进步事业的社会改良家。