特兰托会议的决议，连在天主教会内部也不能被无条件接受。威尼斯、西西里、那不勒斯、佛兰德尔、葡萄牙、西班牙，甚至德国的天主教诸侯，都有所保留。法国不满决议中不利于王权和民族教会的内容，拒绝以国王的名义公布。波兰国王愿意接受决议，但议会以特兰托会议没有波兰代表为理由加以拒绝。完全接受决议的只有瑞士的几个天主教州。可见罗马教皇和天主教会已经威信扫地到什么程度了。
罗马教廷除成立耶稣会和召开特兰托会议进行猖狂反扑外，还加强对思想文化领域里的控制，如一再开列禁书目录，迫害宗教改革家和进步作家。宗教裁判所，即异端裁判所的活动加强了。从1559年到1560年的两年里，西班牙的宗教裁判所进行了五次大屠杀，几乎杀尽了那里所有的新教徒。许多进步的科学家、哲学家横遭迫害，有的被迫害致死，为坚持真理和发展科学献出了宝贵的生命。
历史在前进，时代在前进，罗马天主教会的倒行逆施最后以失败而告终。西欧和北欧许多国家先后建立独立的民族教会，其形式因地而异。经过反复斗争，终于摧毁封建制度，首先在西欧建立资本主义制度，揭开了人类历史上新的一页。